정비사업 세금 4편, 조합원 양도소득세 얼마나 내야 할까

양도소득세는 정비사업 조합원이 종전주택·조합원입주권·완공된 신축주택을 팔 때 내는 국세다. 원조합원은 종전주택 취득일부터 보유기간을 그대로 이어서 계산받지만, 승계조합원은 입주권을 넘겨받은 시점 이후로 보유기간이 새로 기산되는 경우가 많아 같은 아파트를 팔아도 세금 차이가 크게 벌어질 수 있다.

1편에서 정비사업 세금을 보유·취득·양도 세 갈래로 나누고, 2편에서 ‘보유할 때’ 내는 재산세, 3편에서 ‘취득할 때’ 내는 취득세를 각각 조합원 입장에서 짚었다. 이번 4편은 그 마지막 갈래, ‘팔 때’ 내는 세금인 양도소득세를 다룬다. 다만 이 글은 정보 제공을 목적으로 하며 개별 세무 상담을 대체하지 않는다. 취득시기·비과세 기한처럼 자료마다 표현이 엇갈리는 지점도 있는 만큼, 실제 신고 전에는 관할 세무서나 세무사를 통해 정확한 요건과 세액을 반드시 확인해야 한다.

---

양도소득세, 어디까지가 과세 대상인가

정비사업에서 양도소득세가 붙는 대상은 종전주택, 조합원입주권, 완공된 신축주택 세 가지다. 일반 주택 양도와 달리 ‘입주권’이라는 특수한 자산이 중간에 끼어 있어, 취득시기 판단부터 비과세 요건, 세율까지 한 단계씩 더 복잡해진다.

재산세·취득세가 지방세로 관할 구청 소관이었다면, 양도소득세는 국세로 관할 세무서와 국세청이 담당한다. 핵심 쟁점은 세 가지로 정리된다. 취득시기를 언제로 볼 것인가, 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있는가, 다주택자라면 중과세율을 얼마나 물게 되는가.

2026년 현재 이 판단에 영향을 주는 변화가 두 가지 겹쳐 있다. 하나는 2025년 10월 15일 시행된 조정대상지역 확대(서울 25개 전 자치구 + 경기 12개 지역), 다른 하나는 2026년 5월 10일부터 부활한 다주택자 양도세 중과다. 뒤에서 순서대로 짚는다.

---

조합원입주권, 취득시기를 어떻게 볼 것인가

조합원입주권은 관리처분계획인가 이후 종전주택이 전환된 것으로, 소득세법상 ‘주택’이 아니라 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 분류된다. 다만 다주택자 중과나 비과세 여부를 판단할 때, 즉 주택 수를 셀 때는 입주권도 주택 1채로 계산한다.

원조합원의 신축주택 취득시기는 원칙이 비교적 분명하다. 재개발·재건축사업은 관리처분계획에 따라 종전 부동산에 대한 권리가 신축 부동산에 대한 권리로 그대로 이어지는 것으로 본다. 그래서 신축주택은 종전주택의 연속으로 취급되고, 취득시기도 구주택을 취득한 날로 본다. 예를 들어 2012년 3월 A주택을 취득한 뒤 재개발이 진행돼 2023년 2월 신축주택(A’)이 사용승인을 받았다면, A’의 취득시기는 사용승인일이 아니라 2012년 3월로 인정된다.

문제는 승계조합원이다. 원조합원으로부터 입주권을 사들인 승계조합원은 취득시기를 판단하는 기준부터 자료마다 다르게 나온다.

승계조합원 취득시기, 자료마다 기준이 다르다

강남구청 안내서는 승계조합원의 취득시기를 ‘입주권 매수일’로 설명한다. 그런데 조세심판 판례와 국세청 질의회신을 인용하는 다수의 세무 전문 자료는 승계조합원의 보유기간 기산일을 ‘신축주택의 사용검사필증 교부일(사용검사 전 사실상 사용하거나 사용승인을 받은 경우 그 사실상 사용일 또는 사용승인일)’로 설명한다. 실제로 2003년 8월 입주권을 취득하고 2005년 6월 사용승인을 받은 뒤 2007년 4월 양도한 사건에서, 취득시기를 사용승인일로 보아 보유기간을 2년 미만으로 판단해 단기양도세율을 적용한 사례도 확인된다.

두 기준 중 어느 쪽이 맞다고 이 글에서 단정하지는 않는다. ‘입주권 자체의 취득시기'(주택 수 산정이나 조정대상지역 판단에 쓰이는 기준)와 ‘신축주택 보유기간 기산을 위한 취득시기'(장특공제·단기양도 여부 판단에 쓰이는 기준)가 서로 다른 목적으로 별도 판단될 수 있어 이런 표현 차이가 생기는 것으로 보이지만, 이를 명확히 정리한 통일된 법령 해설은 확인되지 않는다.

다만 어느 기준을 적용하더라도 공통된 시사점은 하나다. 승계조합원은 원조합원처럼 종전주택 취득일부터 보유기간을 통산받지 못하고, 입주권을 넘겨받은 시점 이후로 보유기간이 새로 기산되는 쪽으로 불리하게 작용할 가능성이 높다는 점이다. 그 결과 원조합원이었다면 비과세나 높은 장특공제율을 받을 수 있는 상황에서도, 승계조합원은 보유기간이 부족해 비과세를 놓치거나 예상보다 높은 세율을 적용받을 수 있다. 정확한 취득시기 판단 기준은 개별 사안마다 세무 전문가에게 확인하는 게 안전하다.

관리처분계획인가일이 아니라 멸실(철거) 시점을 기준으로 과세 대상 자체가 바뀌는 원리는 정비사업 세금 3편, 조합원 취득세 얼마나 내야 할까 글에서 자세히 다뤘다.

---

조합원입주권 자체를 팔 때 비과세 받으려면

조합원입주권을 양도할 때도 일정 요건을 갖추면 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있다. 다만 입주권은 ‘주택’이 아니므로 관리처분계획인가 시점을 기준으로 요건이 나뉜다.

2013년 5월 A주택을 취득하고 2021년 6월 관리처분계획인가로 입주권으로 전환된 뒤 이를 양도하는 경우를 예로 들어보자. 관리처분계획인가가 없는 상태였다면 양도 당시 다른 주택이 없으므로 비과세가 적용된다. 인가가 있는 상태였더라도 2년 이상 보유 요건을 충족했다면 마찬가지다. 반면 관리처분계획인가 이후 대체주택(B주택)을 따로 취득하고 그 상태에서 입주권을 양도하면, B주택 보유로 인해 입주권 비과세 요건 자체가 무너진다. 이때는 B주택이 뒤에서 다룰 대체주택 비과세 요건을 충족하는지 별도로 따져봐야 한다.

조합원입주권은 원칙적으로 1세대 1주택 비과세 대상이 아니지만, 요건을 충족하면 실지거래가액 12억원 이하분에 대해서는 양도소득세가 비과세되고 12억원을 초과하는 부분에 대해서만 과세된다는 점도 함께 알아둘 만하다. 입주권 1개를 보유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택·분양권이 없거나, 입주권 외 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도하는 경우가 여기 해당한다.

---

종전주택(대체주택) 비과세 특례, 처분 기한부터 확인해야 한다

정비사업으로 이주가 불가피해지면서 조합원이 대체주택을 취득하는 경우가 많다. 이때 대체주택 요건을 충족하면 종전주택(입주권)을 양도할 때 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있다.

대체주택 처분 기한, “2년”과 “3년” 표기가 혼재한다

대체주택을 언제까지 처분해야 하는지에 대해 자료마다 표기가 다르다. 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 관련 법령 요약은 “관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 종전의 주택을 양도해야 한다”고 명시하고 있어 3년 쪽이 법령 원문에 가까운 것으로 보인다. 반면 일부 세무 정보 사이트는 처분 기한을 2년으로 소개하기도 한다.

이 글에서는 완공 후 3년 이내를 기준으로 안내하되, 자료에 따라 2년으로 소개되는 경우도 있으니 실제 처분 시점을 정할 때는 반드시 세무사나 관할 세무서에 재확인할 것을 권한다. 참고로 “완공 후 2년 이내 이사, 1년 이상 거주”라는 이사 의무 요건 쪽은 자료 간 표기가 일치한다.

2017년 10월 A주택을 취득하고 2021년 5월 사업시행계획인가를 받은 뒤 2022년 2월 대체주택(B)을 취득해 1년 이상 거주했다고 가정해보자. 2024년 8월 신축주택(A’)이 완공됐다면, 대체주택 처분 기한은 2027년 8월까지(완공 후 3년)로 계산된다. 이 기한 안에 B주택을 양도하면 요건 충족 시 비과세를 받을 수 있다. 다만 서울 성동구처럼 2025년 10월 15일 이후 조정대상지역에 새로 편입된 지역이라면, B주택 양도 시 2년 거주요건이 추가로 적용되는지 별도 확인이 필요하다.

이와는 별개로, 입주권 취득 후 3년 이내에 기존에 갖고 있던 일반주택을 양도하는 경우도 대체취득 특례로 비과세를 받을 수 있다. 2016년 10월 A주택을 취득하고 2021년 9월 B입주권을 취득한 뒤 2024년 5월(입주권 취득 후 3년 이내) A주택을 양도한다면, A주택이 2년 보유 등 비과세 요건을 충족하는 한 비과세가 가능하다.

정비사업 진행 중 과세 대상이 멸실 전후로 바뀌는 구조를 재산세 관점에서 정리한 정비사업 세금 2편, 조합원 재산세 얼마나 내야 할까 글도 함께 참고할 만하다.

---

다주택자라면 세율부터 다시 봐야 한다 — 2026년 5월 10일, 중과가 이미 부활했다

2022년 5월 10일부터 한시적으로 유예됐던 다주택자 양도세 중과세율이 2026년 5월 9일자로 유예 종료됐다. 이미 시행된 사실로서, 2026년 5월 10일 이후 양도분부터는 중과 원칙이 부활한다.

1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 보유기간·거주기간 각각 연 4%p씩 쌓여, 10년 이상 보유·거주하면 보유분 40%+거주분 40%로 최대 80%까지 적용된다. 반면 조정대상지역 다주택자는 이 공제 자체가 배제된다는 점이 세부담을 크게 갈라놓는다.

조정대상지역 범위도 2025년 10월 15일 시행된 대책으로 서울 25개 전 자치구와 경기 12개 지역(과천·광명·성남 3개구·수원 3개구·안양 동안구·용인 수지구·의왕·하남)까지 넓어졌다. 이 날짜 이후 취득·양도분부터는 확대된 기준이 그대로 적용된다.

중과 유예 종료를 앞두고 경과조치도 마련됐다. 5월 9일 이전 매매계약을 체결했다면, 기존 조정대상지역이었던 강남·서초·송파·용산은 계약일로부터 4개월 이내, 2025년 10월 16일 신규 지정된 지역은 계약일로부터 6개월 이내에 잔금·등기를 마치면 중과를 피할 수 있다.

2026년 8월 발표 세제개편안 — 아직 국회를 통과하지 않은 정부(안)이다

여기서부터는 앞서 다룬 중과 부활과 성격이 다르다. 정부는 2026년 8월 3일 세제발전심의위원회를 열고 「2026년 세제개편안」을 발표했는데, 여기에는 다주택자의 조정대상지역 양도세 중과를 2028년까지 단계적으로 완화하는 방안이 담겼다. 2주택자 중과세율을 현행 +20%p에서 2027년 +5%p, 2028년 +10%p로, 3주택 이상은 현행 +30%p에서 2027년 +10%p, 2028년 +15%p로 낮추는 내용이다. 같은 개편안에는 장기보유특별공제를 ‘보유기간’ 중심에서 ‘거주기간’ 중심으로 재편하는 방안도 포함됐고, 이 부분은 2028년 양도분부터 적용될 예정이라고 한다.

다만 이 개편안은 8월 3일 발표된 정부(안)일 뿐, 아직 확정된 법이 아니다. 「소득세법」·「조세특례제한법」 개정 사항이라 입법예고와 국무회의를 거쳐 2026년 9월 초 정기국회에 제출될 예정이며, 국회 심의·의결 과정에서 내용이 바뀌거나 무산될 수 있다. 지금 시점에서 정비사업 조합원이 확실하게 반영해야 할 것은 ‘2026년 5월 10일부터 중과가 부활했다’는 사실이고, ‘2027~2028년 단계적 완화’는 어디까지나 앞으로 지켜봐야 할 발표(안)으로 구분해서 받아들여야 한다.

---

승계조합원이라면 한 번 더 확인해야 할 것들

승계조합원은 원조합원으로부터 입주권을 매수한 사람이다. 앞서 살펴본 취득시기 문제 외에도, 2021년 이후 달라진 주택 수 산정 방식이 추가로 걸린다.

2021년부터 분양권도 주택 수에 포함되면서, 입주권과 분양권 보유 여부가 비과세 판단에 더 중요해졌다. 2022년 이후 취득한 입주권·분양권은 주택 수 산정에 포함되고, 입주권 양도 당시 다른 주택이나 분양권을 보유하고 있으면 비과세를 받을 수 없다. 예를 들어 2019년 2월 B입주권을 승계취득한 경우, 2022년 2월 15일 이후 양도한다면 분양권도 주택 수에 포함되는 시점이라 다른 분양권을 보유하고 있었다면 비과세가 불가능하다.

청산금이 오가는 경우 처리 방식도 원조합원과 승계조합원이 다르다. 원조합원이 받는 분담금 환급예정액(청산금)은 매도인·매수인 간 잔금청산일을 양도시기로 보아 입주권 양도가액에 합산해 계산한다. 반면 승계조합원이 이전고시 이후 조합으로부터 지급받는 청산금은, 소유권 이전고시가 있은 날의 다음 날을 양도시기로 별도 신고해야 한다. 신고 기한은 소유권이전 고시일 다음날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내다. 1주택자가 1+1(2채) 분양을 받는 경우처럼 프리미엄과 분양대금이 여러 주택에 걸쳐 있다면, 프리미엄을 특정 주택 하나에만 몰아서 계산하는 방식은 인정되지 않는다. 분양가 비율대로 안분해야 한다는 점도 참고할 만하다.

---

계산해보면 이렇게 나온다

강남구청 안내서는 양도소득세 계산 사례를 소개하면서도 “이 페이지의 내용은 참고용이며, 정확한 세액 계산 및 신고·납부는 반드시 관할 세무서 또는 국세청(☎126)에 문의하시기 바랍니다”라고 스스로 못 박아 두고 있다. 아래 세 사례도 구조를 이해하기 위한 참고용으로만 봐야 한다.

사례 1. 원조합원 — 1세대 1주택 비과세
2012년 3월 서울 마포구 A주택을 취득하고, 2018년 6월 관리처분계획인가, 2023년 2월 신축주택(A’) 사용승인을 거쳐 2025년 5월 A’를 양도하는 경우다. 취득시기는 구주택 취득일인 2012년 3월로 이어지므로 보유기간이 13년 2개월에 달해 장특공제 80%가 적용된다. 다만 마포구는 2025년 10월 15일 이후 조정대상지역에 편입됐으므로, 2년 거주요건 충족 여부를 확인한 뒤 비과세를 받을 수 있다.

사례 2. 다주택자 — 중과세율 적용(2026년 5월 10일 이후 양도)
서울 강남구 A주택과 송파구 B주택을 보유한 2주택자가 2026년 6월 B주택을 양도하는 경우다. 강남구·송파구 모두 조정대상지역이고, 양도 시점이 중과 유예 종료(2026.5.9.) 이후이므로 기본세율(6~45%)에 20%p가 중과되고 장특공제는 배제된다. 세부담이 크게 늘어나는 구간이다.

사례 3. 대체주택 비과세
2017년 10월 서울 성동구 A주택을 취득하고, 2021년 5월 사업시행계획인가 이후 2022년 2월 B대체주택을 취득해 1년 이상 거주, 2024년 8월 신축주택(A’) 사용승인을 거쳐 2025년 5월 B주택을 양도하는 경우다. 사업시행계획인가 후 취득, 1년 이상 거주, 완공 후 3년 이내 양도(2024.8~2027.8 이내) 요건을 모두 충족한다. 다만 성동구도 2025년 10월 15일 이후 조정대상지역에 편입됐으므로, B주택의 2년 거주요건 충족 여부를 별도로 확인해야 비과세를 받을 수 있다.

---

마무리하며

4편에서 정리한 양도소득세 구조를 한 줄씩 요약하면 이렇다.

원조합원은 종전주택 취득일부터 보유기간을 통산받지만, 승계조합원은 입주권을 넘겨받은 시점 이후로 새로 기산되는 쪽으로 불리하게 작용할 수 있다(정확한 기준은 자료마다 엇갈려 세무 전문가 확인이 필요하다).
조합원입주권 양도, 대체주택 양도 모두 요건을 충족하면 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있다.
대체주택 처분 기한은 완공 후 3년 이내가 유력하지만, 2년으로 소개되는 자료도 있어 반드시 재확인해야 한다.
2026년 5월 10일부터 다주택자 양도세 중과가 이미 부활했고, 2027~2028년 단계적 완화는 아직 국회를 통과하지 않은 정부안이다.
청산금·안분계산처럼 원조합원과 승계조합원이 서로 다르게 처리해야 하는 항목도 따로 챙겨야 한다.

결국 정비사업 조합원에게 양도소득세는 ‘얼마 내느냐’ 이전에 ‘내가 원조합원인지 승계조합원인지’, ‘몇 주택자인지’, ‘조정대상지역인지’부터 확인하는 문제에 가깝다. 세 가지만 짚어도 예상 밖의 세금 통지서를 받고 당황할 일은 크게 줄어든다.

정비사업 세금 전체 구조와 지방세·국세 구분을 처음부터 다시 보고 싶다면 정비사업 세금 1편, 왜 이렇게 복잡할까 글을 먼저 확인하면 좋다.